Projetos de pesquisa em andamento

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Avaliação de ferramenta baseada no sistema CRISPR-Cas9 para edição genômica multiplex de Cryptococcus neoformans

Baseado no sistema Cas9-suicida desenvolvido para Cryptococcus neoformans por Wang et al (2016), esse trabalho busca avaliar uma ferramenta de edição genética multiplex para tal fungo, possibilitando a criação de clones com múltiplas mutações, porém com menos off-targets e menor toxidez, limitações atuais do sistema CRISPR-Cas9.

Integrantes: Hugo Lins de Albuquerque Vieira, Matheus Castro, Marcio José Poças Fonseca, Larissa Fernandes Matos, Ildinete Silva Pereira e Cintia Marques Coelho

SHIP: um programa baseado em anotações para identificação de possíveis safe harbours genômicos em organismos modelo eucarióticos

Premiado como o melhor trabalho na grande área Genética, Genômica e Evolução no X Simpósio do Programa de Pós-graduação em Biologia Molecular da Universidade de Brasília.

Uma integração genômica de insertos precisa envolve a expressão do gene ou RNA de interesse sem causar impactos na rede genética endógena do organismo hospedeiro. Para expandir o uso de Genomic Safe Harbours - regiões seguras para integração - em diferentes organismos e aumentar o número de GSHs intergênicos, o Programa de Identificação de Safe Harbours (Ship) refina a busca por novas e otimizadas regiões de inserção. 

Integrantes: Matheus Castro Leitão, Lucas M. Vieira, Hugo Lins de Albuquerque Vieira, Marcus Teixeira, Maria E. Walter, Ildinete Silva Pereira, Georgios Joannis Pappas Júnior e Cíntia Marques Coelho.

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Avaliação in silico da essencialidade gênica do cromossomo III sintético de S. cerevisiae, por meio de análises Gene Ontology e dados da literatura

A redução significativa do genoma de S. cerevisiae ainda é prejudicada pela falta de conhecimento de quais sequências exatas compõem seu conjunto de genes essenciais e quase essenciais. Este estudo se propõe a estabelecer critérios de ontologia para agrupar genes com probabilidade de causar letalidade sintética interdependente em grupos, sendo assim relevante para estudos de essencialidade gênica e para a síntese de genomas otimizados para uso em biofábricas.

Integrantes: Hugo Lins de Albuquerque Vieira, Samuel da Silva Andrade,, Fernando Araripe Gonçalves Torres, Ildinete Silva Pereira, Georgios Joannis Pappas Júnior e Cintia Marques Coelho.

Método de diagnóstico para SARS-CoV-2 baseado em Ribozimas e DNA Beacon

O objetivo deste estudo é o desenvolvimento de um método rápido, de baixo custo, isotermal e de fácil procedimento para o diagnóstico de SARS-CoV-2, pela detecção indireta do RNA viral a partir de ribozimas e DNA beacon. No futuro, esse método poderia ser utilizado, com pequenos ajustes, para a detecção de outras doenças virais, como zika, dengue e chicungunha, além de viroses vegetais.

Integrantes:  Mayna da Silveira Gomide, Leonardo Ferreira, Heloísa Oss Boll, Pedro Felipe de Sousa Queiroz, Fernando Araripe Gonçalves Torres, Ildinete Silva Pereira, João Paulo Figueiro Longo, e Cíntia Marques Coelho.

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A biologia sintética envolve a engenharia de sistemas biológicos na montagem de circuitos genéticos, por meio da combinação de partes genéticas biológicas, como promotores, terminadores e sequências codificadoras, de modo a formar estruturas complexas. A construção e design desses circuitos sintéticos genéticos ainda permanece um desafio, já que são necessários requisitos como uma boa integração e funcionamento dessas partes em sistemas biológicos de maneira efetiva. Logo, é válido destacar a importância da descrição de partes biológicas que sejam eficientes, confiáveis e escaláveis.

Integrantes: Ana Carolina Campos Batista, Sophia Garcia de Resende, Ildinete Silva Pereira e Cíntia Marques Coelho.

SynBio 3D

O projeto Biologia Sintética em 3D almeja manipular estruturas biológicas computacionais componentes do primeiro circuito genético desenvolvido e imprimi-las em 3D, com o objetivo de facilitar a educação de estudantes de cursos de ciências da vida a respeito dos processos biológicos.

Integrantes: Heloísa Oss Boll, Matheus Castro Leitão, Suelen Cristalino Bonfim e Cíntia Marques Coelho.